Свое название мечеть получила в честь сеида Кул-Шарифа — последнего имама Казани, поэта и одного из организаторов обороны города. В 1552 году после захвата Казани войсками Ивана Грозного главная мечеть ханства была уничтожена, а сам имам погиб в сражении.
Спустя 443 года, в 1995 году, власти Татарстана инициировали восстановление соборной мечети. Строительство длилось девять лет и велось по большей части на пожертвования — имена всех, кто вносил средства, занесены в книгу, которая сейчас хранится в основном зале мечети. Возводили объект на территории бывшего Юнкерского училища в Кремле, чтобы новый комплекс органично вписался в существующую историческую застройку. Торжественное открытие приурочили к 1000-летию Казани в июне 2005 года.
Архитектурное решение мечети имеет четкую геометрию: в основе плана — два квадрата, наложенных друг на друга под углом 45°, что образует восьмиугольник (в исламской символике это символ руб аль-хизб — знак благословения Аллаха). Здание венчают четыре основных минарета высотой 58 м плюс два малых и два декоративных псевдоминарета у входа.
Внутри убранство не менее роскошно: белый уральский мрамор, витражи, резьба по камню и дереву, позолота и персидские ковры, подаренные правительством Ирана. Особого внимания заслуживает огромная хрустальная люстра из Чехии весом около 2 т, которая заливает светом центральный зал.