Храм получил свое имя в честь святого Исаакия Далматского — Петр I родился в день его памяти, и по велению царя было заложено первое здание. Современный храм, который мы видим сегодня, ― четвертый облик собора.
Сначала это была деревянная церковь, ее построили в 1707 году. Вторая, каменная, строилась 10 лет, но из-за осадки грунта ее разобрали. При Екатерине II заложили третий собор, но возводили его почти 30 лет и завершили уже при Павле I — с нарушением первоначального замысла. В итоге храм выглядел настолько неудачно, что не вписывался в архитектуру центра.
Император Александр I в 1818 году утвердил проект архитектора Огюста Монферрана. Строительство под его руководством продлилось ровно 40 лет и завершилось при Александре II в 1858 году.
Это была грандиозная стройка: для создания фундамента в болотистую почву забили 11 000 новых в дополнение к 13 000 оставшимся от старой церкви деревянных свай. Особого внимания заслуживают 48 нижних гранитных колонн весом по 114 т каждая. Их устанавливали до возведения стен с помощью специальных лесов, одну колонну поднимали всего за 40—45 минут.
Купол диаметром 25,8 м — одно из первых в мире перекрытий такой площади, собранное целиком из металлических конструкций, а не из кирпича или камня.