Обитель была основана в начале XVII века. На месте будущего монастыря поселился отшельник Филарет: он искал уединенное место для молитвы и выбрал берег живописного озера, окруженного густым лесом. Со временем к монаху стали приходить единомышленники, желавшие вести такую же подвижническую жизнь. Постепенно возникла небольшая община, а в 1661 году здесь был основан монастырь.
Название «Раифа» связано с древним монастырем на Синайском полуострове, где в IV веке погибли за веру десятки монахов. В память об этих событиях новая обитель получила такое же имя. Несмотря на удаленность от крупных поселений, монастырь быстро развивался. Значительную роль в его истории сыграла точная копия Грузинской иконы Божией Матери.
В конце XVII века сильный пожар уничтожил практически все деревянные строения. После этого монастырь начали восстанавливать, используя в качестве строительного материала камень. В течение XVIII—XIX веков появились величественные соборы, колокольня, братские корпуса, хозяйственные здания и крепостные стены. Именно тогда сформировался архитектурный ансамбль, который во многом сохранился до наших дней.
В 1930-х годах обитель закрыли, богослужения прекратились, а многие ценности были утрачены. Возрождение пришлось на начало 1990-х годов. Монастырь был возвращен Русской православной церкви, после чего начались масштабные реставрационные работы.
Сегодня монастырь считается одним из крупнейших православных центров Татарстана. Здесь ежедневно совершаются богослужения, действует паломническая служба, принимаются экскурсионные группы, а восстановленный архитектурный ансамбль входит в число самых красивых монастырских комплексов Поволжья.