Селигер — это не единый водоем в привычном понимании, а целая система озерных участков, соединенных между собой протоками. Береговая линия невероятно изрезана, из-за чего озеро напоминает лабиринт из воды и суши. Здесь соседствуют глубокие заливы, узкие проливы, песчаные косы и болотистые низины.
Происхождение озера связано с деятельностью древнего ледника. Когда лед отступал, он оставил после себя обширные впадины, которые со временем заполнились талыми водами. Этим объясняется сложная форма водоема и наличие большого количества островов, многие из которых сегодня покрыты густым лесом.
Вода в Селигере чистая и прозрачная: видимость в некоторых местах может достигать 5 м в глубину. В заливах, где течение слабое, она может цвести в жаркие месяцы, а еще береговую линию окаймляет осока, тростник, камыш и другая прибрежно-водная растительность. Глубина озера колеблется: средняя составляет около 5—6 м, максимальная достигает 24 м в центральных плесах. Дно преимущественно песчаное и илистое, встречаются и каменистые участки.
Берега озера — это смешанные леса, луга и небольшие населенные пункты. Южные берега более пологие и подходят для пляжного отдыха, северные же выше и живописнее. На островах и полуостровах расположены базы отдыха, турбазы и палаточные лагеря.